在破产清偿程序中，员工保护自身权益的关键在于了解自身权益、积极参与破产程序，并适时采取法律手段。以下是一些具体的步骤和建议：

　　一、了解自身权益

　　根据《中华人民共和国企业破产法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，员工在工厂破产后享有以下主要权益：

　　优先受偿权：破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，首先清偿的是破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，以及应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用等。这意味着员工的工资和福利具有优先受偿权。

　　经济补偿权：用人单位被依法宣告破产的，劳动合同终止，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

　　二、积极参与破产程序

　　关注破产公告：企业进入破产程序后，法院会发布破产公告，明确债权申报期限和债权人会议召开时间等关键信息。员工应密切关注这些公告，以便及时参与破产程序。

　　无需主动申报债权：值得注意的是，员工的工资、福利等劳动债权在破产清偿程序中无需员工主动申报。这些债权将由破产管理人调查后列出清单并予以公示。员工只需对清单内容保持关注，如有异议可及时提出。

　　参加债权人会议：债权人会议是破产程序中债权人表达意见、参与决策的重要平台。员工应积极参加债权人会议，了解破产进展，表达自己的诉求和意见。如果债权人会议上成立了债权人委员会，委员会里应有一名员工代表，参与破产财产分配的监督。

　　三、适时采取法律手段

　　对清单记载内容提出异议：如果员工对破产管理人列出的债权清单有异议，可以要求管理人更正。管理人不予更正的，员工可以向人民法院提起诉讼。

　　申请劳动仲裁或提起诉讼：对于因企业破产引发的劳动争议，如经济补偿金的计算标准、拖欠工资的具体数额等，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。对劳动仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

　　寻求法律援助：如果员工在维护自身权益过程中遇到困难或需要专业法律支持，可以向当地法律援助机构或律师协会寻求帮助。法律援助机构或律师可以为员工提供法律咨询、代理诉讼等服务。

　　四、保持冷静理性

　　面对企业破产的困境，员工应保持冷静理性的态度，通过合法途径维护自身权益。避免采取过激行动或散布不实言论等行为，以免损害自身形象和利益。同时，员工也应关注个人职业发展，积极寻找新的就业机会或提升自身技能水平以增加就业竞争力。

　　综上所述，员工在破产清偿程序中保护自身权益需要充分了解自身权益、积极参与破产程序、适时采取法律手段，并保持冷静理性的态度。