股东投资协议即通常所称的公司设立协议，是公司股东为成立公司而签订的协议书，这是在公司设立过程中，由出资人为明确各方之间的权利义务而签署的合同。公司章程是公司的组织以及运行规范。我国《公司法》第十一条规定：“设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。”因此，公司章程是公司的必备文件，并常常被认为是公司的根本法或“公司宪法”。

公司设立协议与公司章程都是为了设立公司，在内容上两者都有关于公司名称、注册资本、经营范围、股东出资与比例、出资形式等等的约定。但是，两者在法律性质和功能上，还是有着巨大的差别：

首先，公司章程是我国公司法强制要求的公司必备文件。没有公司章程，公司就不能成立。而除了外商投资企业要求有合同以及股份有限公司要求有发起人协议外，我国《公司法》并没有要求公司必须具有设立协议。所以，对中小企业最常见的形态即普通的有限责任公司而言，公司设立协议是任意性文件，可有可无。

但在现实生活中，投资者之间往往会先就成立公司事项签订一份公司设立协议。这是由于公司设立过程的不确定性所产生的。这种现实状况的存在，导致了投资者往往将公司设立协议视为成立公司最重要的事项，认为签好设立协议就万事大吉，剩下的只是手续问题了，但是这是一个极大的误区。

其次，两者的约束范围不同。根据《公司法》的规定，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员均具有约束力。即公司章程的作用范围包括股东、公司以及公司内部组织机构与人员。而公司设立协议仅仅是股东之间的任意性合同，需遵守合同相对性的原则，其作用范围仅限于签约的主体之间。

第三，两者生效时间不同。公司设立协议主要是在公司设立期间发生法律效力，所调整的是公司设立过程中的法律关系与法律行为。所以，一般认为公司设立协议的效力期间是从设立行为开始到公司成立为止。而公司章程则自公司设立开始直至公司成立后的整个存续过程，直至公司解散并清算终止时。

第四，两者的效力不同。公司设立协议是内部协议，除参与签约的股东之外，甚至公司董事等高级管理人员均可能不知其内容。而公司章程是公开文件，我国《公司法》第97条、98条还特别规定，公司公开发行股票或公司债券必须公开披露公司章程。公司章程的公开性，是为了有助于公司投资者、债权人以及交易对象可以了解公司的组织与运行，并据此做出判断。所以，对社会公众而言，章程的效力高于公司设立协议。

在司法实践中，当事人在公司设立之后，再以公司设立协议为依据而提出民事诉讼，要求追究股东出资义务、请求确认设立协议无效而解散公司等等，法院一般都不予以支持。